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청구법인이 국립공원 내 주차장시설 이용용역을 제공하고 관람객으로부터 징수한 쟁점 주차수입에 대하여 부가가치세과세대상
2008-10-31 없음 2015
1. 청구법인이 국립공원 내 주차장시설 이용용역을 제공하고 관람객으로부터 징수한 쟁점 주차수입에 대하여 부가가치세과세대상으로 본 사례 2. 신고 및 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되는바 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 본 사례


【사건번호】 조심2008중1998, 2008.08.27

【주문】

○○세무서장이 2008.3.5. 청구법인에게 한 부가가치세 45,276,130원(2006.2기 36,458,540원, 2007.1기 5,483,090원, 2007.2기 3,334,800원)의 부과처분은, 주차장운영수입과 관련한 신고불성실가산세(무신고가산세) 및 납부불성실가산세는 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

【이유】

1. 처분개요
청구법인은 자연공원법 제44조의 규정에 의거 1987.7.1. 설립한 국립공원관리공단 산하 전국 26개 지방사무소 중 ○○○국립공원사무소로서 ○○○국립공원 내에 주차장을 설치하여 사용료를 직접 징수하면서 2006.7.1.∼2007.9.30. 기간 중 발생한 수입금액 409,868,000원(공급대가, 이하 \"쟁점 주차수입\"이라 한다)을 부가가치세가 면제되는 용역대가로 하여 부가가치세를 신고하였다.
○○지방국세청장은 2007년 11월 청구법인에 대한 조사결과, 조세특례제한법시행령 제106조 제8항이 2006.2.9. 개정되면서 2006.7.1. 이후부터 국립공원관리공단의「주차장운영업」은 과세사업으로 전환되었다 하여 쟁점 주차수입을 부가가치세 과세대상으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다.
처분청은 ○○지방국세청장의 과세자료 수보내용에 따라 2008.3.5. 청구법인에게 부가가치세 45,276,130원(2006.2기 36,458,540원, 2007.1기 5,483,090원, 2007.2기 3,334,800원)을 경정고지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2008.4.29. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 ○○부장관으로부터 권한을 위탁받아 국립공원시설사용료 징수업무를 수행하고 있으며, 위탁된 업무의 범위 내에서 공원관리청의 지위에서 국가업무를 집행하고 있으므로 국립공원 주차장시설 이용용역 제공은 국가가 공급하는 용역에 해당한다. 또한, 청구법인이 관리하는 국립공원은 국가소유로 그 유지ㆍ관리비는 원칙적으로 국가가 부담하여야 하나, 청구법인이 주차료 등을 징수하여 국립공원과 공원 내 문화재의 관리ㆍ보수를 위한 비용으로만 사용하도록 한정하고 있다.
2006.2.9. 개정된 조세특례제한법시행령 제106조 제8항에서 청구법인의 주차장운영업을 부가가치세 과세대상으로 규정하고 있으나 동 규정은 공원관리청의 지위가 아닌 독립된 법인격의 주체로서 영리목적으로 주차장운영업을 영위하는 경우에 부가가치세를 과세하려는 취지이고, 같은법시행규칙 제48조 제1항에서는 청구법인의 주차장운영업을 여전히 면세사업으로 규정하고 있으므로 쟁점 주차수입을 부가가치세 과세대상으로 봄은 부당하다.
(2) 조세특례제한법시행령 제106조 제8항이 2006.2.9. 개정된 이후에도 현재까지 같은법시행규칙에서는 청구법인의 주차장운영수익을 부가가치세가 면세되는 것으로 계속 규정하는 한편, 재정경제부 예규(재부가-186, 2007.3.22.)는 청구법인과 유사하게 주차장을 운영하는 지방공단에 대하여 부가가치세가 면제된다고 유권해석한 바 있으므로 이를 신뢰하여 주차장 이용자로부터 부가가치세를 거래징수하지 아니한데 대하여 부가가치세를 과세한 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 부적법한 처분이다.

나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 자연공원법 제44조에 의거 설립된 비영리법인으로 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합에 해당하지 않고, 국립공원내 주차장을 자기책임과 계산 하에 운영하고 있다.
조세특례제한법시행령 제106조 제8항이 2006.2.9. 개정되면서 국립공원관리공단의 주차장운영업은 부가가치세 면제대상에서 제외하였고, 동 규정은 부가가치세법시행령 제37조 제1호의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 용역에 대한 부가가치세 면제규정에도 불구하고 부가가치세가 과세되는 것으로 명시하고 있으므로 쟁점 주차수입에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.
(2) 조세특례제한법시행규칙 제48조는 같은법시행령 제106조 제8항의 개정에도 불구하고 청구법인의 주차장운영업을 계속 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있으나, 상위법에서 청구법인의 주차장운영업에 대하여 부가가치세 과세대상으로 명확히 규정하고 있으며, 재정경제부 예규에서 지방공단이 국가 또는 지방자치단체로부터 위임을 받아 공영주차장을 운영하는 경우에는 부가가치세가 명제되는 것으로 유권해석 하였으나, 이는 지방공기업에 대한 것으로 자연공원법 제44조의 규정에 의하여 설립된 청구법인과는 구분되므로 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단
가. 쟁점
(1) 청구법인이 ○○부장관으로부터 위탁받아 국립공원내 주차장 이용용역을 제공하고 징수한 쟁점 주차수입을 부가가치세가 면제되는 용역대가로 볼 수 있는지 여부
(2) 쟁점 주차수입에 대하여 부가가치세를 과세한 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

나. 관련법령
○ 부가가치세법 제12조(면세)
① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
16. 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것
17. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

○ 부가가치세법시행령 제37조(종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호단체 등이 공급하는 재화 등의 범위)
법 제12조 제1항 제16호에서 \"대통령령이 정하는 것\"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.
1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경재부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법시행령 제38조(국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위)
법 제12조 제1항 제17호에서 \"대통령령이 정하는 것\"이라 함은 다음 각호의 용역을 제외한 것을 말한다.
3. 부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업.(단서 생략)

○ 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등)
① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.(후단 생략)
6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

○ 조세특례제한법시행령 제106조(부가가치세 면제 등) (2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정된 것)
⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 \"대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체\"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.
22.「지방공기업법」제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단
25.「자연공원법」에 의한 국립공원관리공단
⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 \"재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것\"이라 함은 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은「부가가치세법 시행령」제37조 제1호의 규정에 불구하고 적용한다.
1. 소매업ㆍ음식점업ㆍ숙박업ㆍ욕탕업 및 예식장업
2.「부가가치세법 시행령」제2조 제2항에 규정된 사업
3. 부동산임대업
4. 골프장ㆍ스키장 및 기타 운동시설 운영업
5. 수상오락서비스업
6. 유원지ㆍ테마파크운영업
7. 주차장운영업 및 자동차견인업(2006.2.9. 신설)

○ 조세특례제한법시행규칙 제48조(부가가치세의 면제 등) (2004.3.6. 재정경제부령 제358호로 개정된 것)
① 영 제106조 제8항 본문에서 \"재정경제부령이 정하는 사업\"이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다.

○ 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실)
납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

○ 부가가치세법 제22조(가산세)
⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.
1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10 상당하는 금액
2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액
가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

다. 사실관계 및 판단
(1) 쟁점 (1)에 대하여 본다.
(가) 청구법인의 주차장운영과 관련한 조세특례제한법령의 규정을 모두어 보면, 법 제106조 제1항 제6호에서 『대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것』은 부가가치세를 면제하도록 규정하고, 시행령 제106조 제7항에서는 \"대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체\"로 제25호에서「자연공원법」에 의한 국립공원관리공단을 규정하고 있으며, 시행령 제106조 제8항에서는 부가가치세가 면제되는 \"재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것\" 중에「주차장운영법」은 제외하는 것으로 2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정하여 2006.7.1.부터 시행하도록 되어 있다.
(나) 청구법인은 개정 조세특례제한법시행령 제106조 제8항은 청구법인이 공원관리청의 지위에서 국립공원내 주차장시설 이용용역을 제공하는 경우에는 적용되지 않고, 같은법 시행규칙에서 부가가치세가 면제되는 것으로 계속 규정하였으며, 청구법인과 같이 정부업무대행단체의 하나인「지방공기업법」제76조의 규정에 의하여 설립된 지방공단이 국가로부터 위임받아 주차장을 운영하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것으로 유권해석 하였으므로 청구법인의 주차장 이용용역도 부가가치세가 면제됨을 주장한다.
(다) 청구법인이 개정 조세특례제한법시행령 제106조 제8항의 적용대상인지 여부에 대하여 살펴보면,
1) 조세특례제한법 제106조 제1항 제6호 및 같은법시행령 제106조 제7항에서 정부업무대행단체의 하나로「자연공원법」에 의한 국립공원관리공단을 규정하고 있는 점에 비추어 청구법인은 위 법령상의 정부업무대행단체로 볼 수 있다.
2) 청구법인이 국가소유의 주차장시설을 위탁받아 운영하면서 그에 따른 수익은 전액 청구법인에게 귀속되고, 국립공원의 관리 및 보전에 사용하는 점에 비추어 청구법인의 고유목적사업의 하나로 제공하는 용역 및 그 대가라 할 수 있고, 청구법인의 책임과 계산 하에 운영하고 있으므로 개정 조세특례제한법시행령 제106조 제8항의 부가가치세가 과세되는 주차장운영업에 해당한다고 봄이 타당하다.
(라) 비록, 조세특례제한법시행규칙 제48조 제1항 및(별표 10) 제25호에서 영 제108조 제8항 본문이 규정하는 재정경제부령이 정하는 사업의 범위에 청구법인의 주차장 사용에 관한 업무를 부가가치세 면세사업으로 열거하고 있으나, 개정 조세특례제한법시행령 제106조 제8항 단서에서 주차장운영업에 대하여는 동조 동항 본문의 적용을 제외하는 것으로 규정하고 있으므로 청구법인의 주차장운영업에 대하여는 부가가치세가 면제되지 아니한다고 해석된다 할 것이다.
(마) 따라서, 조세특례제한법시행령 제106조 제8항 개정 이후에 청구법인이 국립공원내 주차장시설 이용용역을 제공하고 관람객으로부터 징수한 쟁점 주차수입에 대하여 처분청이 부가가치세 과세대상으로 본 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점 (2)에 대하여 본다.
(가) 청구법인은 조세특례제한법시행령 제106조 제8항이 2006.2.9. 개정된 이후에도 같은법시행규칙 제48조 제1항은 청구법인의 국립공원내 주차장운영업에 대하여 부가가치세가 면제되는 것으로 계속 규정하고, 재정경제부 예규(재부가-186, 2007.3.22.)도 정부업무대행단체인 지방공단이 공영주차장을 국가 또는 지방자치단체로부터 위임받아 운영하고 이용자로부터 받는 대가는 부가가치세가 면제된다고 유권해석 하였으므로 동 시행규칙 조항 및 유권해석이 청구법인에게 적용되는 것으로 신뢰하여 부가가치세를 거래징수하지 않은 것에 대하여 부가가치세를 과세함은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장한다.
(나) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자의 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떤 행위를 하여야 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원86누92, 1987.5.26. 같은 뜻임).
(다) 청구법인은 조세특례제한법시행령 제106조 제8항 단서가 2006.2.9. 개정되면서 정부업무대행단체의 주차장운영업이 부가가치세 면제대상에서 과세대상으로 전환되었음에도 같은법시행령 동조 동항 본문 및 같은법시행령 동조 동항 본문 및 같은법시행규칙 제48조 제1항 규정과 청구법인 이외의 다른 정부업무대행단체의 주차장 이용용역 제공이 부가가치세가 면제된다고 유권해석 하였다하여 동 법령 조항 및 유권해석이 청구법인에게 계속 적용되는 것으로 잘못해석하고 그를 신뢰한 귀책사유가 있으므로 처분청이 조세특례제한법시행령 제106조 제8항 개정 이후에 발생한 쟁점 주차수입에 대하여 부가가치세를 과세한 처분은 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.
(라) 그러나, 처분청은 위 시행령 개정 이후에 청구법인이 부가가치세 신고 및 납부의무를 불이행하였다 하여 부가가치세 본세 이외에 신고불성실가산세(무신고가산세) 및 납부불성실가산세를 부과하였는바, 이에 대하여 살펴본다.
1) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법령에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재라 할 것이므로, 납세자가 정당한 사유로 신고, 납세 등 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 과세할 수 없는 것으로 판단되고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이다(대법원2001두403, 2003.9.5. 외 다수 같은뜻임).
2) 비록, 조세특례제한법시행령 제106조 제8항 단서가 2006.2.9. 개정되어 그 시행일인 2006.7.1.부터 같은법시행령 동조 동항 본문, 같은법시행규칙 제48조 제1항 및(별표 10) 의 적용 여지가 없다 하더라도, 동 시행규칙은 개정되지 아니한 채 심리일 현재까지 외관상 청구법인의 주차장운영업이 부가가치세 면세사업으로 계속 존치하는 것처럼 규정되어 있고, 청구법인과 같이 조세특례제한법 제106조 제7항의 정부업무대행단체인 지방공단이 비록 주차장운영수입 전액을 지방자치단체에 귀속시키는 등 운영상 차이가 있으나, 청구법인의 입장에서 보면 청구법인과 유사한 형태 및 방식으로 주차장을 운영하는 것으로 보아 부가가치세가 면제되는 것으로 동 유권해석을 받아들일 소지가 있으며, 이건 국립공원관리공단에 대하여 2006.7.1. 과세전환 이후에도 이건 부과일 무렵인 2007년 3월까지 모두 면세로 부가가치세를 신고한데 대하여 아무런 경정조치가 없는 점을 감안하면, 청구법인이 부가가치세의 신고 및 납부의무를 이행하지 아니한 것은 그 의무 이행을 기대하는 것이 무리라고 볼 수 있는 사정이 있는 때 등 부가가치세 신고 및 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 있다.
(마) 따라서, 청구법인에게 쟁점 주차수입에 대하여 부가가치세를 과세하면서 신고불성실가산세(무신고가산세) 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
  아파트로 주민등록을 이전하였다 하더라도 어린이집을 개원한 이래 아파트를 실제 주거용으로 사용하지 아니하는바 어린이 보육시설 이외의 용도에 사용하는 것
  비영리법인의 회비 계산서 발행 여부