고유목적사업준비금은 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금의 지출에 사용할 수 있습니다.

1. 고유목적사업

고유목적사업이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말합니다. 즉, 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 사업(다만, 수익사업에서 제외되는 사업은 포함하지 아니한다)에 대하여는 고유목적사업준비금을 사용할 수 없습니다.

다음의 지출은 고유목적사업준비금의 사용에 해당하는 경우입니다.

1) 고유목적사업의 인건비 등 필요경비

비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액은 고유목적사업에의 지출에 해당합니다. 고유목적사업준비금으로 고유목적사업에 종사하는 직원에 대한 퇴직급여충당금을 설정한 경우에는 법인세법 제13조 및 동법시행령 제18조에서 규정하는 범위 내의 금액(퇴직급여충당금의 손금산입한도내의 금액)은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 봅니다. 수익사업을 수행하기 위하여 소요되는 인건비 등은 고유목적사업준비금의 지출로 인정되지 아니합니다.

2) 기금 또는 준비금에의 적립

특별법에 의하여 설립된 법인(당해 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 국세기본법 제13조의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체를 포함한다)으로서 건강보험,연금관리,공제사업 및 아래에 규정된 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업준비금의 지출에 해당합니다.

가. 예금자보호법에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원,채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

나. 농업협동조합의 구조개선에 관한법률 및 수산업협동조합법에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

다. 새마을금고법에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

라. 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한법률에 의한 부실채권정리기금을 통한 부실채권 인수 및 정리와 관련된 사업

사내근로복지기금법에 의하여 설립된 사내근로복지기금이 법인세법 제29조의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 사내근로복지기금법 제16조의 규정에 의하여 기금에 전입한 경우에 그 전입한 금액은 법인세법시행령 제56조 제6항의 규정에 따라 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 봅니다.

비영리내국법인이 각사업연도소득금액 계산시 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 계상한 후 수익사업에서 발생한 소득금액의 일부를 당해 법인의 기본재산에 편입한 경우에는 이를 고유목적사업에 사용한 것으로 보지 아니합니다.

예를 들어,장학사업을 고유목적사업으로 하는 비영리내국법인이 수입한 이자소득에 대하여 법인세법 제12조의 2 제1항의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 후 당해 이자소득의 일부를 기본재산(장학기금)에 전출한 경우에는 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 없는 것입니다.

3) 의료법인의 의료기기 등 취득

가. 고정자산의 취득

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 비록 수익사업용 고정자산의 취득이지만 고유목적사업준비금지출의 대상으로 정하고 있습니다.

2001.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 분부터 준비금상당액을 의료발전회계로 구분하여 경리한 경우에 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 봅니다.

고유목적사업준비금의 지출대상인 의료기기 등 고정자산의 범위는 다음과 같습니다.

- 병원 건물 및 부속토지

- 다음 각목의 의료기기

   * 국민건강보험법에 의한 요양급여의 적용대상이 되는 의료기기 중 취득가액이 100만원 이상인 의료기기

   * 초음파영상기,자기공명영상기,양전자단층촬영기

나. 자산취득자금차입금의 상환과 이자비용

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 법인세법시행규칙 제29조의 2에서 정하는 의료기기 등의 고정자산을 취득하기 위하여 차입한 금액을 상환하는 것은 법인세법시행령 제56조 제6항의 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당하지 아니하는 것으로 해석하고 있습니다.

2001년 3월 28일자 법인세법 시행규칙 제29조의2의 개정으로 인하여 의료기기 등이 비록 수익사업용 자산에 해당하지만 의료기기 등을 취득하는 것을 고유목적사업준비금의 지출로 인정하는 점이 있는 반면, 그 의료기기 취득관련 차입금의 상환은 준비금의 지출로 인정하지 아니하는 것이므로 당해 차입금의 이자비용은 당연히 수익사업의 손비로 인정됩니다.

다. 기타 해석사례

- 의료법인의 범위

법인세법시행령 제56조 제6항 제3호에서 규정하는 의료업을 영위하는 비영리내국법인의 범위에 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 운영하는 대학병원이 포함되는 것임.

- 건설가계정에 대한 지출

의료업을 영위하는 비영리내국법인의 "건설가계정"으로 계상된 금액 중 2001.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 법인세법시행규칙 제29조의 2 제1항 제1호에 규정된 병원건물의 신축비로 지출된 금액은 같은법시행령 제56조 제6항 제3호 규정에 의하여 고유목적사업에 사용한 금액으로 보는 것임.

- 의료발전회계

병원건물 등에 고유목적사업준비금을 사용하고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 재정경제부령이 정하는 의료발전회계(고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계)로 구분하여 경리하여야 한다.

- 의료발전준비금의 환입

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 법인세법시행규칙 제29조의 2에 규정된 의료기기 등을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 의하여 같은법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금잔액을 사용한 것으로 보아 의료발전준비금의 적립을 통한 의료발전회계로서 구분경리 할 수 있는 것이며, 동 규정에 따라 고유목적사업준비금잔액을 사용한 것으로 하여 의료기기를 취득한 법인이 동 의료기기에 대하여 법인세법 제23조의 규정에 의한 감가상각비를 각 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 감가상각비상당액을 의료발전준비금의 환입액으로 하여 익금에 산입하는 것임.

라. 농업협동조합중앙회가 회원에게 무상 대여하는 금액

농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회가 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액은 고유목적사업준비금의 지출로 봅니다. 

마. 상호금융예금자보호기금에 출연

농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회가 농업협동조합의 구조개선에 관한법률에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액 또는 수산업협동조합법에 의한 수산업협동조합중앙회가 수산업협동조합법에 의한 상호금융예금자보호기금에 출연하는 금액은 고유목적사업준비금의 지출로 봅니다.

바. 고유목적사업용 고정자산의 취득

고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산취득에 지출한 비용은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 봅니다. 고유목적사업과 수익사업의 겸용자산을 취득한 경우에는 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 취득에 지출한 금액은 고유목적사업 등에 사용한 것으로 봅니다.

예를 들어,고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인이 사옥을 취득하여 일부는 당해 법인의 고유목적사업에 직접사용하고 일부는 수익사업(임대사업)에 사용하는 경우 고유목적사업에 직접 사용하는 사옥의 취득에 지출한 금액은 같은 조 제2항의 규정에 의하여 고유목적사업 등에 사용한 것으로 보는 것이며, 이 경우 고유목적사업에 속하는 자산과 수익사업에 속하는 자산은 법인세법 제113조 규정에 의하여 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 합니다.

사. 고유목적사업의 차입금의 상환 및 이자지급

고유목적사업의 차입금상환과 이자지급은 고유목적사업준비금의 지출에 해당합니다. 그러나 수익사업 회계에 속하는 차입금의 상환은 고유목적사업준비금의 지출에 해당하지 않습니다.

2. 지정기부금의 지출

지정기부금이라 함은 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지,문화,예술,교육,종교,자선,학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(법인세법시행령 제36조의 규정에 의한 지정기부금)을 말합니다. 또한 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 조세특례제한법 제73조 제1항 각호에 해당하는 기부금을 지출한 경우에는 당해 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 봅니다. 한편, 비영리내국법인이 조세특례제한법 제73조 제1항 각호에 해당하는 기부금을 지출하는 경우 법인세법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 별도로 손금에 산입할 수 있는 것입니다. 비영리법인의 수익사업이 당해 법인내의 고유목적사업에 지출하는 것은 기부금의 지출이 아니고 고유목적사업준비금의 전출에 해당하는 것입니다. 여기에서의 지정기부금의 지출이라 함은 당해 비영리법인이 그 법인 외의 자에게 지출하는 지정기부금을 의미합니다.